تم إنشاء مركز البحوث والاستشارات بجامعة مصراتة بقرار من رئيس الجامعة رقم 87 لسنة 2005. يتضمن المركز عدة فروع تشمل: مكتب البحوث والاستشارات الهندسية، مكتب البحوث والاستشارات الاقتصادية، ومكتب البحوث والاستشارات الحيوية. تم اعتماد المركز بقرار وزير التعليم رقم 322 بتاريخ 30 مايو 2007. في عام 2014، تم اقتراح إنشاء مكتب البحوث والاستشارات القانونية، وفي عام 2015 تم إنشاء مكاتب البحوث والاستشارات الطبية والمعلوماتية والاجتماعية. بناءً على قرار مجلس الجامعة رقم 5 لسنة 2019، تمت إعادة تنظيم المركز ليشمل عدة مكاتب متخصصة في مجالات الهندسة، الاقتصاد، العلوم الحيوية والطبية، التربية، القانون، واللغة العربية.
شهد المركز تطورًا ملحوظًا، حيث مُنح الشخصية الاعتبارية والذمة المالية المستقلة بقرار مجلس الوزراء رقم (698) لسنة 2022، مما عزز استقلاليته وتبعيته للجامعة.
وفي العام نفسه، تم فصل مكتب العلوم الحيوية والطبية إلى مكتبين مستقلين: للعلوم الحيوية، وللعلوم الطبية.
وتُوجت هذه الجهود باعتماد الهيكل التنظيمي الجديد للمركز بقرار مجلس الوزراء رقم (166) لسنة 2024، بما يضمن استمرارية العمل البحثي والاستشاري وفق أسس حديثة تلبي احتياجات المجتمع.